由于經(jīng)顱磁刺激（rTMS） 在治療不同疾病時(shí)的機(jī)制有所差異，不同的患者對(duì)rTMS 治療的反應(yīng)也存在異質(zhì)性，所以TMS 的治療不同疾病的療程設(shè)置也各不相同。以抑郁癥為例，一般認(rèn)為，患者在接受TMS 治療1-4 周為急性期，5-12 周為鞏固期，13-22周為維持期。

2016 年，美國(guó)臨床經(jīng)顱磁刺激學(xué)會(huì)(Clinical TMS Society)發(fā)布了TMS 治療重性抑郁的共識(shí)建議：

建議1：推薦TMS 作為緩解抑郁癥狀的急性治療手段。

建議2：若TMS 急性治療有效，則可將TMS 作為疾病反復(fù)時(shí)的維持治療手段。

建議3：TMS 既可單用，也可聯(lián)用抗抑郁藥或其他精神科藥物。

建議4：若TMS 急性治療應(yīng)答良好，則可將TMS 作為維持治療手段。

建議5：初次TMS 治療應(yīng)答良好的患者若出現(xiàn)抑郁復(fù)發(fā)，可考慮重新使用TMS 治療。